應北京大學的邀請，2009年7月6日至7日，西安交大附中王佩東校長對北大進行了為期兩天的友好訪問。同時，應邀訪問的還有人大附中校長、北京四中校長、上海中學校長等80余所國內一流中學的校長。

7月6日下午，在北大博雅國際會議中心，王佩東校長參加了“北京大學自主招生研討會”。會上，王佩東校長介紹了西安交大附中近年來的發展及給北大輸送人才的情況。就北大自主招生的話題，王佩東校長認為，自主招生是一個很好的選拔優秀人才的方法和途徑，希望北大能以更加開放的姿態和靈活的方式選拔優秀人才。

7月7日上午，王佩東校長應邀參加了北京大學2009年本科生畢業典禮暨學位授予儀式，北京大學黨委書記閔維方、校長周其鳳等領導及許多著名學者等出席了畢業典禮。2009年北京大學共有3000多名本科學生順利完成學業，獲授學士學位。莘莘學子心，濃濃恩師情。在典禮上，王佩東校長與在北大今年剛完成本科學業的西安交大附中學子師安、史鈔、路桐等同學歡聚一堂，師安等同學身著學士服，代表北大即將畢業的西安交大附中學子，向王佩東校長獻上了一大束美麗的鮮花，表達對母校質樸的、深厚的感激之情。

典禮結束后，在北大博雅國際會議中心，王佩東校長與北京大學及清華大學今年剛完成本科學業的部分西安交大附中學子歡聚一堂，認真聽取了每一位同學大學四年的學業情況及學業感悟，還關心地詢問了同學們的畢業去向，并代表母校祝福他們鵬程萬里，并指出在前進的路上母校永遠都是他們堅實的后盾。會談在溫暖、感恩的氛圍中進行，最后，王佩東校長與同學們一起合影留念。

此次訪問交流活動，陜西省有兩所示范高中受邀參加。在為期兩天的考察訪問中，王佩東校長還與北京大學校長周其鳳院士等多位校領導就素質教育和人才培養等教育議題進行了交流和探討。